Años más tarde se trasladó a Alemania donde obtuvo el título de Doctora en Epidemiología Genética «Dr. rer. nat.» en la universidad de Bonn, conjuntamente con el" Uniklinik Venusberg Hospital ".
Para completar la carrera académica en 2016, una vez finalizada la «Habilitación» (disertación de profesor) obtuvo el título de «Privat-Dozent» en el campo de la Epidemiología de la Genética en la facultad de medicina de la universidad LMU (Múnich, Alemania), con la especialización cartografía genética del genoma mitocondrial. Estos últimos años ha conseguido diversas publicaciones donde se demuestra la importancia de este genoma para la prevención y progreso de enfermedades.
PUBLICACIONES: Durante su trayectoria científica ha participado en más de 27 artículos publicados en revistas científicas internacionales, en 20 de los cuales como la autora principal. En estos artículos se han revelado la influencia de diferentes factores genéticos y epigenéticos en enfermedades como: Alzheimer, alopecia, impedimento auditivo, dislexia, trastorno bipolar, asma, Parkinson, trastorno por estrés postraumático, cardiopatía congénita, obesidad y en factores fisiológicos como perfil de colesterol y triglicéridos (Lista de publicaciones).
En el 2018 se sacó el título de terapeuta en medicina integrativa y preventiva, montó su consulta privada, Omicsalut.
POSICIÓN ACTUAL: Actualmente continúa ejerciendo en el campo de la investigación y la docencia en la Universidad LMU de Múnich. Es jefe del departamento de genética mitocondrial y enfermedades genéticas familiares en el centro de investigación en salud medioambiental Helmholtz-Zentrum Múnich, donde su investigación está centrada en el estudio de mutaciones mitocondriales y su influencia en una deficiencia, interrupción, o falta en la comunicación entre los dos genomas (nuclear y mitocondrial). Siendo esta la causa de muchas enfermedades, principalmente de aquellas que aparecen a una edad avanzada así como la causa fundamental del proceso del envejecimiento.
¿POR QUÉ DECIDIÓ INVESTIGAR? Según la Dra. Flaquer la investigación de enfermedades es creatividad y progreso. El día a día es apasionante, significa ir acumulando nuevos conocimientos y poder aplicarlos para mejorar un futuro con más calidad de vida. Combinar investigación, práctica y docencia es particularmente motivante. Hace que el interés por la profesión investigadora no decaiga con el paso del tiempo porque siempre hay una nueva meta en perspectiva. También es fundamental tener un natural interés y satisfacción por conocer y aprender cosas nuevas y saber transmitir a la gente.